V roce 1212 byl Thomaskirche postaven jako klášterní kostel. Ohlíží se za historií trvající více než 800 let. Kostel byl 27 let působištěm Johanna Sebastiana Bacha, který byl v letech 1723 až 1750 sv. Tomášem Cantorem v Lipsku. Během této doby vedl sbor sv. Tomáše, který se dodnes těší mezinárodní slávě. V tomto období navíc vznikla velká část Bachových děl.
Thomaskirche je místem Bachova posledního odpočinku a je považován za důležité centrum klasické hudby – daleko za hranicemi Německa.
Zvláštním vrcholem jsou týdenní moteta, každý pátek v 18.00 hodin (v liturgické formě nešpor, trvající cca 1 hodinu) a v sobotu v 15.00 hodin (zpravidla s provedením kantáty Johanna Sebastiana Bacha). Moteta obvykle v jejich nepřítomnosti uvádí Thomanerchor Leipzig, sbor zastupují hostující soubory nebo hostující varhaníci. Vstupní program na moteto je možné zakoupit 45 minut před začátkem u vchodů do kostela sv. Tomáše. Předprodej vstupenek není možný.