En 1212, la Thomaskirche fut construite comme église monastique. Il revient sur une histoire de plus de 800 ans. Pendant 27 ans, l'église fut le lieu de travail de Jean-Sébastien Bach, qui fut chantre de Saint Thomas à Leipzig de 1723 à 1750. Durant cette période, il dirigea le Chœur Saint-Thomas, qui jouit encore aujourd'hui d'une renommée internationale. Par ailleurs, une grande partie des œuvres de Bach ont été écrites durant cette période.
La Thomaskirche est la dernière demeure de Bach et est considérée comme un centre important de la musique classique – bien au-delà des frontières de l'Allemagne.
Les motets hebdomadaires sont un moment fort, tous les vendredis à 18.00 heures (sous forme de vêpres liturgiques, d'une durée d'environ 1 heure) et le samedi à 15.00 heures (généralement avec une interprétation d'une cantate de Jean-Sébastien Bach). Les motets sont généralement interprétés par le Thomanerchor Leipzig ; en son absence, des ensembles invités ou des organistes invités représentent le chœur. Le programme d'entrée au motet peut être acheté 45 minutes avant le départ aux entrées de l'église Saint-Thomas. Aucune vente de billets à l’avance n’est possible.