W 1212 roku Thomaskirche został zbudowany jako kościół klasztorny. Patrzy wstecz na historię obejmującą ponad 800 lat. Przez 27 lat kościół był miejscem pracy Jana Sebastiana Bacha, który w latach 1723-1750 był św. Tomaszem Kantorem w Lipsku. W tym czasie prowadził Chór św. Tomasza, który do dziś cieszy się międzynarodową sławą. Ponadto w tym okresie powstała duża część dzieł Bacha.
Thomaskirche jest miejscem spoczynku Bacha i uważany jest za ważny ośrodek muzyki klasycznej – daleko poza granicami Niemiec.
Szczególną atrakcją są cotygodniowe motety, w każdy piątek o godz. 18.00 (w formie liturgicznej nieszporów, trwające około 1 godziny) i soboty o godz. 15.00 (zazwyczaj z wykonaniem kantaty Jana Sebastiana Bacha). Motety wykonuje zwykle Thomanerchor Leipzig; w przypadku ich nieobecności chór reprezentują gościnne zespoły lub organiści. Program wejścia na motet można nabyć na 45 minut przed startem przy wejściach do kościoła św. Tomasza. Nie ma możliwości przedsprzedaży biletów.