Kościół św. Tomasza jest miejscem kultu, domem muzyki, siedzibą chóru chłopięcego Thomanerchor oraz miejscem ostatniego spoczynku Johanna Sebastiana Bacha.
To właśnie w tym kościele powstała większość utworów Bacha . Thomaskirche jest również miejscem ostatniego spoczynku Bacha i uchodzi za ważne centrum muzyki klasycznej, także daleko poza granicami Niemiec.
Szczególną atrakcją są cotygodniowe motety w piątki o godz. 18.00 (w liturgicznej formie nieszporów, czas trwania ok. 1 godziny) i w soboty o 15.00 (zwykle z wykonaniem kantaty Johanna Sebastiana Bacha). Z reguły motety wykonuje Thomanerchor; w razie jego nieobecności chór zastępują zespoły gościnne lub organiści. Program motetów dostępny jest przy wejściach do kościoła od 45 minut przed rozpoczęciem. Przedsprzedaż biletów nie jest prowadzona.
