Nach umfassender Beräumung und Instandsetzung ist heute die aufwendige Ausstattung der Kirche mit farbigen Bleiglasfenstern besonders bemerkenswert. Diese gelten als ein in Sachsen einmalig restaurierter Bildzyklus der farbigen Glasmalerei. Zudem besitzt die Peterskirche mit 88 Metern den höchsten Kirchturm der Stadt Leipzig. Im Turm befinden sich vier bronzene Glocken. Beeindruckend ist außerdem die Weite des Mittelschiffes der Kirche, welches mit einer Spannweite von 17 Metern sogar die des Kölner Doms übertrifft.